Orlistat es un inhibidor potente, específico y de acción prolongada de las lipasas producidas en el tracto gastrointestinal. Actúa a la luz del estómago y el intestino delgado después de crear un vínculo con el sitio de serina activa de la lipasa gástrica y pancreática. Inactiva, la enzima no hidroliza la grasa ingerida en forma de triglicéridos en ácidos grasos libres absorbibles y monoglicéridos. El efecto del orlistat sobre el aumento del contenido de grasa en las heces ocurre ya después de 24 a 48 horas después de tomar el medicamento. Después de suspender el fármaco, el contenido de grasa en las heces vuelve a los valores previos al tratamiento después de 48 a 72 horas La absorción de orlistat es mínima. Muy raramente se detecta en plasma y las concentraciones alcanzadas son muy bajas sin evidencia de acumulación. In vitro, el orlistat se une a las proteínas plasmáticas en más del 99% (principalmente con lipoproteínas y albúmina) y penetra en los eritrocitos en un grado mínimo. Probablemente se metabolice principalmente dentro de las paredes gastrointestinales. Se han identificado dos metabolitos principales con mínima actividad inhibidora de la lipasa: M1 (anillo de lactona hidrolizado de 4 miembros) y M3 (M1 con N-formileucina unida), que representan aproximadamente el 42% de la concentración plasmática total. En sujetos normales y obesos, la principal vía de eliminación es la excreción fecal del fármaco no absorbido.